Jakou výši zálohové faktury zvolit při celkové částce 40.000 Kč?

To záleží pouze na tobě a na dohodě se zákazníkem Také se to odvíjí od konkretní činnosti. Obvykle se zálohová faktura vystavuje ve výši nákladů na materiál.

Minimálně za materiál.
Také záleží, co to je za zákazníka.
Já píšu celkovou částku a pak na fakturu 0 Kč.