K čemu slouží velikost alokační jednotky u možností formátovaní flash disku?

Větší alokační jednotka umožní vyšší rychlost přístupu pro větší soubory, protože jsou adresovány na méně místech. Pro menší soubory způsobí nevyužití kapacity paměti.

K tomu samému co u harddisku…
Malá alokační jednotka – vyšší režie pro alokaci, lepší využítí disku hlavně pro menší soubory, u některých FS to ale také znamená nemožnost obsáhnout celou kapacitu disku.
Velká alokační jednotka – nižší režie pro alokace, horší využití disku při menších souborech (i ten nejmenší soubor zabere místo o velikosti celé alokační jednotky), při omezeném počtu alokačních jednotek (některé FS) lze obsáhnout větší disky…

https://cs.wi­kipedia.org/wi­ki/Cluster_(pev­n%C3%BD_disk)
https://cs.wi­kipedia.org/wi­ki/File_Alloca­tion_Table#FAT16