Na jaký formát bych měl převést video z formátu mkv aby zabíralo méně místa?

To si vyzkoušej, datově menší, může také znamenat rozměrově menší. Záleží na nastavení konverze.

Chybná úvaha. Jak mkv tak avi a i mp4 jsou „kontejnery“ i když se mohou vázat s nějakými pro ně obvyklými kodeky. To co nese data jsou datové streamy, které jsou uvnitř uložené a ty formáty (mkv, avi…) jen řídí jejich organizaci v souboru. Důležité je právě jaký kodek s jakým nastavením použiješ (to se přímo projeví v datech těch streamů – jak video tak audio) . Obecně „méně místa“ znamená buď snížení kvality, nebo zvýšení výpočetní náročnosti (ať už při kódování nebo při přehrávání)