Proč mi nefunguje diakritika u českých titulků v přehrávačích? (Windows Media Player, Media Player Classic atd.)?

Protože máš špatně nastavený font. Musí tam být stejné kódování jako mají ty titulky. Některé fonty vůbec nezvládají středoevropské (to je to „CE“ na konci). Zkus si s tím pohrát a určitě na to přijdeš.
Jinak doporučuju zkusit KMPlayer (resp. jeho nástupce, PotPlayer), to je podle mého názoru na přehrávání filmů to nejlepší. Všechno tam jde přehledně nastavit.