Windows 10 od verze 1703 podporujou vytváření a používání více partition (oddílů) na flešce.
Starší OS Windows to neumí a neumí si s nima poradit, tudíž zobrazujou jen jednu partition a to tu, co je primární.
Tohle si myslím, že bude příčina.

To, co jsi „dodal,“ je ovšem ta nejdůležitější informace :) tím, že smažeš Linux, tak samozřejmě nesmažeš tu strukturu dvou oddílů. Takže platí, co jsem ti psal v soukromých správách a teď to ještě upřesním, že nejlépe by si s tím poradil Linux. Vyhledej někoho, kdo má na PC Linux a on ti tu flešku dá do pořádku. Ale nejspíš by pomohly i ty dva programy pro Windows, které jsem zmiňoval.

No, otázku příčiny situace asi řešit nebudeme, bambilion důvodů. Co dělat? Ve správě disků OBA oddíly smaž a vytvoř na flashce JEDEN oddíl z celé kapacity flashky. (aby ti nezůsatalo žádné volné místo [unused]) Pak flashku naformátuj dle potřeby (dnes obvykle NTFS nebo FAT 32).

Každopádně kdyby něco, tak utilita na práci s oddíly se ve widlích jmenuje DISKPART. Pracuje v příkazovém řádku. Tož v případě potřeby prostuduj (parametry příkazu) a použij. Hlavně vofafrně a s rozumem! Borců, kteří si „neradi“ či „omylem“ odebrali oddíl na ŠPATNÉM disku jsou mraky, až by jeden zdechl smíchem. ;) :D