Je pravda že se externí HDD více opotřebovává když s něj každý den spouštíte programy?

Opotřebovává se stejně, je to opravdu jen interní disk akorát přes USB.

Externí – interní, je to fuk.
Hlavní rozdíl je v rychlosti (přístupu i přenosu dat), připojení přes USB je pomalejší.

Na interním disku je většinou nainstalován Windows a programy, proto se právě tento více opotřebovává. Externí disk se používá pro ukládání fotek, videí, atd. Není to však pravidlem.

Jinak se od sebe příliš neliší, interní HDD má jiné rozhraní a není schován v plastovém (ochranném) boxu.

Opotřebování bych neřešil, záleží to na mnoha faktorech. Někomu se pokazí disk po dvou letech, někdo ho má deset let.