Dobrý den, lze do výpovědi zaměstnance uvést jako důvod: porušování ustanovení Zákoníku práce ze strany zaměstnavatele?

Pracovní smlouva je úmluva mezi 2 smluvními stranami, na něž se vztahují stejná práva i povinnosti. V ZP jssou taxativně vyjmenovány důvody vč. příslušných §, je dostupná i na netu.
Pokud jsou důvody podložené a případně prokazatelné, nemělo by hrozit ze strany zaměsnavatele riziko žádné odvety, protože by u soudu prohrál a hradil nejen soudní výlohy, ale i odškodné, zameškanou mzdu a veškeré zákonné nároky poškozeného.
Přesto je lepší zvážit okolnosti a zkusit mimosoudní dohodu, ovšem s připraveným původním podáním, když by nebyla rozumná ochota k dohodě.
V případě problémů nabízí příslušný odborový svaz bezplatnou právní podporu i zastoupení.

určitě.
a nemusí ani porušovat nějaký paragraf,
stačí, když poruší např. pracovní smlouvu (např. nedodržení termínu výplaty) nebo i dobré mravy (např vás sexuálně obtěžuje, nutí vás lhát nepo podobně.

Zaměstnanec může podat výpověď i bez uvedení důvodu (dvouměsíční výpovědní lhůta platí stejně), nebo ukončit pracovní poměr dohodou (tam je lhůta taková, jakou si dohodne, třeba i žádná).

Proč by ne.

Ale bylo by dobré uvést konkrétně jaký paragraf.

Taky je možné, že Vás zaměstnavatel zažaluje za křivé obvinění a pak už zbývá jen soud, aby určil kdo má pravdu.

Taky je možné, že Vám bude dělat zaměstnavatel potíže, např. bude trvat na 2 měsíční výpovědní době, nebo Vás propustí tzv. na hodinu bez odstupného nebo vás bude chtít propustit na dohodu bez nároku na odstupné nebo Vám nebude chtít vydat zápočtový list

Napsat to sice můžete, vzhledem ale k tomu, co už napsal baghira mi není zřejmé, jakou to bude mít výhodu proti výpovědi bez udání důvodu.